Хабиб Бен Али Бургиба родился 3 августа 1903 года в Монастире в мелкобуржуазной семье. Первоначальное образование он получил в колледже Туниса, а в 1927 году окончил юридический факультет университета Сорбонны и Высшую школу политических наук в Париже.
Вернувшись в Тунис в 1927 году, Хабиб занялся адвокатской практикой. С 1930 года он активно участвовал в национально-освободительном движении партии Дустур. Также Бургиба печатался в партийной газете и был издателем ряда других газет, получил известность как автор статей, направленных против французского колониализма и монархического режима.
В 1934 году, после раскола Дустура, Хабиб и его сторонники основали партию «Новый дустур», которая возглавила борьбу тунисского народа за независимость. Бургиба стал её генеральным секретарем, а с 1938 года – председателем. В эти годы он неоднократно арестовывался французскими колониальными властями за агитацию против них. В итоге, партия была запрещена, Бургиба был арестован и переведён в военную тюрьму Франции.
Во время Второй мировой войны Бургиба открыто заявлял, что уверен в поражении Германии и Италии, призывал тунисский народ к борьбе с фашистами и был заключен в тюрьму уже немцами. В 1949 году он вернулся на родину, где продолжил политическую борьбу за независимость. Но в 1952 году он вновь был арестован и выслан из страны, куда вернулся уже спустя три года.
После провозглашения Тунисом независимости в 1956 году Бургиба возглавил правительство, став первым премьер-министром Республики Тунис. В 1957 году Национальное учредительное собрание упразднило монархию, и Хабиб был избран президентом страны и переизбирался на этот пост еще два раза.
Бургиба провёл в Тунисе ряд крупных экономических и политических реформ. В частности, крупномасштабное расширение прав женщин, повышение уровня среднего и высшего образования, запретил многожёнство и ввёл законодательную процедуру развода. При нем было отменено действие шариата, началась модернизация страны, были заложены предпосылки для экономического роста.
В течение 1960-70-х годов Бургиба настойчиво укреплял систему государственной власти. В 1963 году были запрещены все политические партии, кроме проправительственной, затем прошла чистка и в самом правительстве. Постепенно стал складываться культ личности Бургибы, и в 1975 году он был провозглашен пожизненным президентом страны.
В начале 1980-х годов он легализовал оппозиционные политические партии, однако этим воспользовались набиравшие силу исламские фундаменталисты и по стране прокатились антиправительственные волнения. Президент жестоко расправился с заговорщиками, репрессии коснулись и светской оппозиции.
В ноябре 1987 года в ходе бескровного государственного переворота Бургиба был смещен со своего поста «по состоянию здоровью» и помещен под домашний арест.
Умер Хабиб Бен Али Бургиба в Монастире 6 апреля 2000 года, был похоронен с почестями. В связи с его кончиной в Тунисе была объявлена неделя национального траура.