Салижан Шакирович Шарипов родился 24 августа 1964 года в узбекской семье в городе Узген Ошской области (Киргизия). В 1981 году окончил школу и поехал поступать в Оренбургское авиационное училище, но не прошёл по конкурсу. В 1982 году окончил профессионально-техническое училище по специальности «бухгалтер».
Салижан служил в техническом подразделении авиационного полка в Приморском крае, откуда поступил в Харьковское высшее военное авиационное училище лётчиков.
В 1990 году Салижана отобрали в отряд советских космонавтов. Шарипов прошёл полный курс подготовки к полётам в качестве командира корабля.
С 23 по 31 января 1998 года Салижан Шарипов совершил свой первый полёт на космическом корабле «Endeavour» продолжительностью 8 дней 19 часов 46 минут 54 секунды. В ходе этого полёта была осуществлена стыковка с российским орбитальным комплексом «Мир». Тогда ему было 34 года.
Второй космический полёт он совершил в 2004 году в качестве командира космического корабля «Союз ТМА-5» и бортинженера на Международной космической станции. В этой экспедиции Салижан совершил 2 выхода в открытый космос.
В июле 2008 года Шарипов освобождён от должности заместителя командира отряда космонавтов, выведен из состава отряда космонавтов и назначен начальником отделения в Центре подготовки космонавтов им. Ю.А. Гагарина.
За успешное осуществление космических полётов Шарипов удостоен высоких правительственных наград Российской Федерации, Киргизии, Узбекистана и Таджикистана. Почётный профессор Ошского университета.
Салижан Шарипов женат, имеет сына и дочь. Очень любит читать и увлекается футболом.