Эдвард Виктор Эпплтон родился 6 сентября 1892 в Брадфорде (графство Йоркшир, Великобритания). Он начал учиться в Сент-Джонз-колледже Кембриджского университета, однако первая мировая война прервала его обучение. Юноша ушёл на фронт, служил в войках связи. После возращения вернулся в Кембридж, посвятив себя изучению радиофизики.
Юношу рано признали как серьёзного учёного. С 1920 года Эпплтон занимал должность ассистента демонстратора по физике при Кавендишской лаборатории, затем получил должность младшего лектора в Тринити-колледже. Весьма молодым человеком, в возрасте тридцати двух лет, Эпплтон получил место профессора Лондонского университета, а в 1936 году – и Кембриджского.
Исследования Эпплтона касались распространения и затухания радиоволн, а также ионосферы, существование которой предсказывали другие учёные. Эпплтону удалось открыть ионосферу совместно с английским физиком М.Барнеттом, исследуя отражение в атмосфере радиоволн.
В ионосфере Эпплтон открыл верхний слой, отражающий радиоволны, что приблизило создание радаров. Этот слой был назван именем учёного (F-слой, или слой Эпплтона), и за это открытие, а также за весь комплекс работ по исследованию верхних слоёв атмосферы, в 1947 году он получил Нобелевскую премию.
Эпплтон работал в министерстве научных исследований Великобритании, в том числе во время Второй мировой войны, с 1949 года стал ректором Эдинбургского университета. Он был членом Лондонского королевского общества, обладателем различных наград, премии М.Либмана, медали М.Фарадея, а также был возведен в рыцарское достоинство.
Скончался Эдвард Виктор Эпплтон 21 апреля 1965 года в Эдинбурге.