Эдуард Клапаред родился 24 марта 1873 года в Женеве. Вслед за изучением естественных наук и медицины, он посвятил себя психологии, которую изучал у Теодора Флерноя, своего близкого родственника.
Впоследствии Эдуард много сотрудничал с Флерноем, а впоследствии сменил его на посту профессора психологии Женевского университета, что произошло в 1915 году. Этот пост он занимал вплоть до своей смерти.
Совместно с Флерноем он основал журнал «Archives de Psychologie». Он также внес весомый вклад в международное сотрудничество психологов благодаря деятельности Международного Психологического Конгресса.
Кроме того, в 1912 году Клапаред основал Институт Жана Жака Руссо. Институт задумывался им как центр инновационных исследований и практических разработок в сфере образования. Позднее здесь были выполнены многие работы Жана Пиаже.
В области психологии его отличала широта интересов, включающих такие темы, как сон, работа интеллекта, решение задач и образование. Клапаред постоянно настаивал на важности функционального подхода. Его всегда отличала непредвзятость суждений, он всегда пытался выявить гибкость реакций человека в его взаимодействиях с окружающей средой.
Умер Эдуард Клапаред 29 сентября 1940 года.