Петр Борисович Ганнушкин родился 8 марта 1875 в Рязанской губернии в многодетной семье сельского врача.
Пришло время учиться в гимназии, и в 1884 году дружная семья перебирается в Рязань, чтобы дети были под присмотром родных. Петру было 9 лет, когда он поступил в 7-ю Рязанскую мужскую гимназию. Учился отлично, особые способности проявил к языкам. Уже с 13 лет стал интересоваться характерами людей.
Окончив в 1893 году гимназию с золотой медалью, Петр в том же году поступил на медицинский факультет Московского университета. Братья также начали учиться в Московском университете. После 3-го курса Петр окончательно избрал своей будущей специальностью психиатрию. Окончив в 1898 году медфак, Ганнушкин был оставлен работать при психиатрической клинике Московского университета. В 1899 году Ганнушкин блестяще защитил докторскую диссертацию.
Врачебная деятельность Ганнушкина началась в психиатрической клинике Московского университета. Петр Борисович был тонким диагностом и исключительно чутким врачом. Его исследования были связаны с областью психических пограничных расстройств, между нормой и патологией. Особое уважение и авторитет Ганнушкин снискал как мастер амбулаторных приемов. Он учил врачей ставить ранние диагнозы по едва заметным изменениям психики. Он принимал до 300 человек в неделю.
Завершением многолетних исследований Ганнушкина является его классическая монография «Клиника психопатий: их статика, динамика и систематика», которая содержит яркое и детальное описание существенных особенностей основных типов патологических характеров. Этот труд характеризует Ганнушкина как создателя «малой» психиатрии, изучающей неразвернутые формы психических заболеваний.
В это время его здоровье стало быстро ухудшаться. Его оперировали выдающиеся хирурги профессора А.В. Мартынов и В.Н. Розанов. Им помогал крупный терапевт профессор Д.Д. Плетнев. Но было поздно.
23 февраля 1933 года Ганнушкин умер. Петр Борисович похоронен на Новодевичьем кладбище.