Эмиль Франсуа Лубе родился 31 декабря 1838 года в Марсанне (Франция). Свою деятельность Лубе начал как юрист, став в 1876 году членом палаты депутатов от Республиканской партии. В 1885 году Лубе был избран в сенат, а спустя год стал министром общественных работ. В 1892 году он был назначен премьер-министром, но вскоре подал в отставку в связи с Панамским скандалом.
Вновь избранный на этот пост спустя два года, он стал президентом Сената в 1896 году. А в 1899 году Лубе был избран президентом Третьей республики во Франции большинством голосов: 483 против 279, поданых за Мелина.
Во время президентства Лубе во Франции впервые появились устойчивые министерства. Это в значительной степени объясняется личным тактом президента, который умел смягчать разногласия и примирять различные оттенки мнений. Вообще же он считается образцом строго конституционного президента.
В период своего президентства Лубе активно содействовал созданию Антанты, обменявшись государственными визитами с императором России Николаем II и королем Великобритании Эдуардом VII.
Эмиль Франсуа Лубе был седьмым президентом Третьей республики, но первым, срок полномочий которого истек естественным образом с передачей полномочий избранному преемнику. По окончании президентского срока в 1906 году Лубе поселился в Монтелимаре, где занимал пост мэра.
Эмиль Лубе — рекордсмен долгожительства среди президентов Франции. Он не дожил 10 дней до 91-го дня рождения, умерев 20 декабря 1929 года.