Агассис был непримиримым противником теории естественного отбора и эволюции видов, он отстаивал учение Кювье о том, что разнообразие видов является результатом божественного вмешательства и отображает разнообразие идей и их ассоциаций в божественном уме.
Жан Агассис (Жан Луи Родольф Агассис) родился 28 мая 1807 года в Мотье (Швейцария). Учился в Цюрихском, Гейдельбергском и Мюнхенском университетах. В 1830 году Агассис получил степень доктора медицины. В период с 1832 по 1845 годы являлся профессором естественной истории в университете Невшателя. В 1846 году Агассис переезжает в США.
Здесь большую часть времени Агассис посвящает преподавательской деятельности, а также активно занимается созданием музеев при университетах. В частности, именно он основал музей сравнительной зоологии в Кеймбридже, участвовал в создании музеев в Бостоне, Чикаго и Нью-Йорке.
Свои научные исследования Агассис проводит в сферах ихтиологии и гляциологии. С 1833 года он начинает работу над пятитомным трудом «Изучение ископаемых рыб». Этот труд дал начало новой науке – палеоихтиологии.
Исследования ученого в области гляциологии легли в основу учения о ледниковых периодах в истории развития Земли. Результаты его исследований изложены в книге «Изучение глетчеров». Эта работа вышла в 1840 году и считается некоторыми историками науки его главным трудом.
Жан Агассис умер 14 декабря 1873 года. Его сын, Александр Агассис, стал одним из выдающихся учёных своего времени.