Фриц Прегль родился 3 сентября 1869 года в семье служащего казначейства. В 1887 году, окончив гимназию в Лайбахе, Фриц переехал с матерью в Грац. Поступив в университет Граца, занялся изучением медицины и проявил себя настолько талантливым студентом, что преподаватель физиологии Александр Роллет сделал его своим лабораторным ассистентом.
В 1893 году Прегль получает диплом врача. Он остается работать в лаборатории Роллета, одновременно ведя практику как врач-офтальмолог. В то же самое время он все больше начинает увлекаться химией. Особенный интерес Франца вызывают свойства холевой кислоты и причина высокого содержания углерод-азотистых соединений в моче. Он проводит исследования, которые были оценены достаточно высоко. В результате в 1899 году ему предлагают должность лектора на кафедре физиологии университета Граца.
Но Прегль решает продолжить начатые исследования. Вскоре он переезжает в Германию, где в течение 1904 года работает у Карла Густава фон Хюфнера в Тюбингенском, у В.Оствальда в Лейпцигском и у Э.Фишера в Берлинском университетах.
В 1923 году Преглю была присуждена Нобелевская премия «за изобретение метода микроанализа органических веществ».
Лаборатория Прегля стала мировым центром органического микроанализа. Перед смертью он пожертвовал большую сумму денег Академии наук в Вене на установление премии за достижения в области микрохимии. Эта премия носит имя Прегля.
Фриц Прегль умер 13 декабря 1930 года в Граце (Австрия) на 62-м году жизни.