Герман Хаген родился 30 мая 1817 года в Кёнигсберге (ныне - Калининград). Он начал свою карьеру с того, что в 1836 году поступил студентом на медицинский факультет кенигсбергского университета. Кроме лекций по медицине, он слушал известных зоологов фон-Бэра и Зибольда. В 1839 году молодой Хаген отправляется с профессором Ратке в Норвегию, Швецию и Данию для изучения морской фауны, а также энтомологических коллекций и библиотек этих стран.
В 1840 году Хаген пишет диссертацию, становится доктором медицины. Затем работает в Берлине, Вене и Париже. Спустя три года Хаген возвращается в Кенигсберг, где занимается врачебной практикой. Параллельно он принимает активное участие в общественных и городских делах. И, несмотря на свои многосторонние занятия, публикует ряд выдающихся сочинений по энтомологии.
С 1867 года Xаген заведовал энтомологическим отделением музея сравнительной зоологии в Кембридже и с 1870 года читал лекции в Гарвард-колледже в качестве профессора энтомологии.
Всеобщую известность как энтомолог Xаген заслужил преимущественно своими капитальными сочинениями над сетчатокрылыми насекомыми. Он не только выработал принимаемую всеми систему этого отряда, но также обработал монографически многие его семейства и со свойственной ему точностью установил запутанную до того времени синонимику громадного числа видов.