Джон Гевин Малкович родился 9 декабря 1953 года в Кристофере, Иллинойс (США) в семье редактора газеты. В детстве Джон решил стать экологом и после школы поступил в Университет штата Иллинойс. Окончив университет, успел поработать водителем автобуса, служащим в супермаркете.
В 1978 году Малкович дебютирует на сцене чикагского театра Steppenwolf Theatre в пьесе Сэма Шепарда. За роль в спектакле «Правдивый Запад» актер получил премию OBIE.
В 1984 году Малкович играет в пьесе Артура Миллера «Death of a Salesman», на следующий год телеверсия спектакля выходит по ТВ. За нее актера награждают премией EMMY. Одновременно Малкович снимается в кино в фильме Роберта Бентона Places in the Heart, игра приносит «Оскара».
В 1986 году Джон Малкович выступает как режиссер в постановке Arms and the Man.
На счету актера самые разноплановые роли и образы от злодеев до комедиантов. В его фильмотеке такие картины, как «Империя солнца», «Создавая мистера Райта», «Опасные связи», «Тени и туман» и многие другие.
В 1995 году Малкович попал в список Empire самых сексуальных звезд мирового кинематографа.