Владимир Александрович Магницкий родился 12 июня 1915 года в городе Пенза. В 1940 году он окончил Институт инженеров геодезии, аэрофотосъемки и картографии в Москве, в 1944 году – аспирантуру в этом же институте, а в 1949 году – докторантуру.
С 1941 года Магницкий работает педагогом в родном институте, а с 1948 года – и в Московском госуниверситете. С 1979 года, кроме того, работает в Институте физики Земли Академии Наук Советского Союза.
В 1962 году Владимир Александрович возглавил кафедру физики Земли физического факультета МГУ. Являлся председателем комиссии по координации геофизических исследований академии наук соцстран и президентом Международной ассоциации сейсмологии и физики недр Земли в 1971-1975 годах. В 1975 году был удостоен Ордена Октябрьской революции.
Владимир Магницкий является основоположником советской школы физики земных недр. Он сделал анализ новых физических способов в исследовании внутреннего строения планеты, объяснил свойства переходного слоя мантии Земли при помощи уравнений состояния, изменения сейсмических процессов.
Под его руководством проводились исследования эволюции Земли и других планет Солнечной системы, постигались механизмы процессов, происходящих в земной коре.
Владимир Магницкий скончался 16 октября 2005 года в возрасте 90 лет.