Эмиль Габорио родился 9 ноября 1832 года в городе Сожон, в семье госслужащего. Окончил среднюю школу в Сомюр, отслужил в армии и после этого по совету отца занялся юриспруденцией. Одновременно Габорио пробует силы в литературе.
Приехав в Париж в 1856 году, Эмиль начинает работать репортером в журнале La Vérité. Первая книга Эмиля Габорио вышла в 1860 году и называлась «Знаменитые балерины», в ней он описывал жизнь парижской богемы. Книга не имела успеха у читателей, но Габорио не унывал и перешел к другому жанру.
В это время Габорио работает секретарем у Поля Феваля, известного автора криминальных рассказов. Он, а еще приключенческие книги Эдгара По и Александра Дюма, оказали на Эмиля влияние, и писатель выбирает стезю детективного романа.
В 1866 году вышла первая книга Габорио в этом жанре – «Дело вдовы Леруж». Прототипом главного героя романа полицейского Лекока был реальный человек – Франсуа Видок. Затем последовали и другие – «Преступление в Орсивале», «Дело под № 113», «Золотая шайка», которые принесли автору популярность в 19 веке.
Габорио также немало сделал для популяризации детективной комедии. Последующие мастера детективов Стивенсон, Конан Дойл в своем творчестве подражали Габорио. Ученики переросли своего учителя, и вскоре герой Конан Дойля Шерлок Холмс оттеснил Лекока на второй план.
Умер Эмиль Габорио 1 ноября 1873 года в Париже. Его произведения начиная с 1914 года неоднократно экранизировались.