Пол Ойген Блейлер родился 30 апреля 1857 года в маленьком городе в окрестностях Цюриха в Швейцарии. Он изучал медицину в Цюрихе, и позже учился в Париже, Лондоне и Мюнхене, после чего возвратился на родину, чтобы работать в университетской больнице.
В 1886 году Блейлер стал директором психиатрической клиники в Райнау (Бадене), больницы, расположенной в старом монастыре на острове. Клиника переживала не лучшие времена, и Блейлер сделал всё, чтобы улучшить условия жизни пациентов. После он был переведен обратно в клинику при университете Цюриха.
1890 году Блейлер заинтересовался работами Зигмунда Фрейда и высоко оценил его исследования истерии. Как и Фрейд, Блейлер полагал, что большую роль в умственной деятельности человека играет бессознательное. Какое-то время Блейлер даже консультировался с Фрейдом насчет своих собственных психологических проблем.
Поддержка Блейлера, как главы одной из самых известных психиатрических клиник, имела большое значение для признания и развития психоанализа как одного из методов диагностики и лечения психиатрических заболеваний. Но к 1911 году Блейлер разочаровался во Фрейде и его трудах.
Блейлер особенно известен за изучение шизофрении и признание её самостоятельным заболеванием — ранее она считалась одним из вариантов слабоумия. Он ввёл новый термин, происходящий от греческих слов схезо (раскол) и френос (разум). Его заслугой является и исследование симптомов шизофрении. Именно Блейлер ввёл такие термины как раздвоение личности, аутизм и синестезия.
Умер Ойген Блейлер 15 июля 1939 года в Цолликорне под Цюрихом.