Иоганн Каспар Лафатер родился 15 ноября 1741 года в Цюрихе. Он изучал богословие, занимал должность сначала приходского диакона, а потом пастора в своём родном городе. В 1796 году за протест против оккупации Швейцарии французами он был выслан из Цюриха, но через несколько месяцев вернулся.
По возвращении издал сборник стихотворений, за которым последовал сборник богословского содержания. Еще с 1769 года он стал собирать материалы для «Физиономики», которая вышла в 1772–1778 годах в Лейпциге и Винтертуре, с массой рисунков лучших по тем временам граверов. В 1775–1778 годах вышло французское издание, в Гааге, ещё более удачное в отношении рисунков.
Физиогномика стала главной целью жизни Лафатера, хотя он продолжал заниматься богословскими трудами и проповедями; популярность его, как убежденного и просвещенного пастора, была так велика, что путешествия Лафатера по Европе были рядом триумфов. Обаяние личности Лафатера не могло быть поколеблено остроумными нападками многих известных людей того времени на «Физиономику».
Кроме того, он написал ещё несколько библейских эпопей и сборников религиозной тематики и издавал свои сочинения.
На философские взгляды Лафатера повлияли, по мнению некоторых исследователей, одновременно пиетизм и либерализм. В своих проповедях он отождествляет «веру» и «любовь». Установление компромисса между взглядами церкви и взглядами общества было постоянной целью Лафатера; он даже старался примирить животный магнетизм Месмера со спиритуализмом религии и позитивизмом науки.
Лафатер трагически погиб 2 января 1801 года, пытаясь увещевать пьяных французских мародёров; один из них выстрелил в Лафатера, который от этой раны и умер. Перед смертью он простил убийцу, запретил его разыскивать и даже посвятил ему стихотворение.
Современники весьма уважали Лафатера, что отмечает Карамзин в «Письмах русского путешественника», повествуя о встрече с ним.