Юрий Федорович Лисянский родился (2) 13 августа 1773 года в Нежине, в Киевской губернии. Отец его был священником Нежинской церкви святого Иоанна Богослова. Учился Лисянский в Морском кадетском корпусе.
Он принимал участие в нескольких сражениях на фрегате «Подражислав» под командованием адмирала Грейга в годы Русско-шведской войны 1788-1790 годов. После окончания войны продолжил службу в британском флоте, до 1800 года проходил стажировку в Англии, совершил несколько путешествий, в том числе в Индию.
На родину он вернулся в качестве командира шлюпа «Нева», под командованием И. Крузенштерна совершил первое в русской истории кругосветное путешествие. Сам Крузенштерн командовал кораблем «Надежда». В ходе этой экспедиции был открыт и назван по имени Лисянского один из Гавайских островов.
В 1803 году Лисянский и Крузенштерн стали первыми русскими мореплавателями, пересекшими экватор, в феврале 1804 года корабли «Нева» и «Надежда» оказались в Тихом океане. Здесь Лисянский взял курс на остров Пасхи с намерением подробно исследовать берега, природу и жителей.
В 1804-1805 годах Лисянский со своим штурманом Д.Калининым исследовал остров Кадьяк в Русской Америке и архипелаг Александр. В результате этой экспедиции были открыты острова Крузова и Чичагова.
Осенью 1805 года Лисянский со своей командой по пути в порт Макао в Китае открыли риф Нева и риф Крузенштерна. Из Макао шлюпы «Нева» и «Надежда» отправились в Кантон, откуда проследовали в Кронштадт, где и завершилось первое русское кругосветное плавание.
Лисянский удостоился звания капитана первого ранга. Вскоре после этого он подал в отставку из-за отказа в финансовой помощи для издания его собственной книги «Путешествие вокруг света в 1803-1806 годах на корабле "Нева"».
Юрий Федорович Лисянский умер в Петербурге (22 февраля) 6 марта 1837 года, был похоронен в Некрополе мастеров искусств Александро-Невской лавры. Один из его сыновей - Платон, пошёл по стопам отца, став морским офицером, и дослужился до чина адмирала.
В честь Лисянского названы - остров, открытый им в северо-западной части Гавайских островов, полуостров на северном побережье Охотского моря и гора на Сахалине. Постановлением Правительства РФ от 10 июля 2001 года надгробие могилы Юрия Лисянского определено как объект исторического и культурного наследия федерального (общероссийского) значения.