Эдвард Бенеш родился 28 мая 1884 года в семье небогатого крестьянина. С 1896 по 1904 годы учился в гимназии в Виноградах, после чего сразу поступил в Свободную школу политических и социальных наук в Сорбонне, а после учился в Берлине. В 1908 году он получил степень доктора права. Годом позже в Праге защитил диссертацию на степень доктора философии.
После начала Первой мировой войны принял активное участие в организации внутреннего антиавстрийского движения – так называемой «чешской мафии». 1 сентября 1915 года под угрозой ареста Бенеш выехал в эмиграцию, где стал одним из ближайших сотрудников руководителя заграничного движения за независимость Чехословакии Т.Г. Масарика.
Организовал курс популяризаторских лекций о чехах и словаках в Сорбонне, публиковал статьи во французских газетах и брошюры с обоснованием требования независимости Чехословакии от Австро-Венгрии.
Эдвард Бенеш играл также важную роль во внутренней политике, будучи одной из опор «Града» – политических сил, близких к президенту Масарику. В 1921–1922 годах Бенеш был премьер-министром. А с 1926 года – в руководстве Чехословацкой национально-социалистической партии, влиятельной силы, поддерживавшей «Град» (президентскую администрацию).
После отставки президента Масарика 18 декабря 1935 года был избран вторым президентом Чехословакии. В сентябре 1938 года, как глава государства и верховный главнокомандующий, принял условия Мюнхенского соглашения, по которому территории Чехословакии, населённые судетскими немцами, передавались Германии, и 5 октября ушёл в отставку.
Покинул страну, жил в Лондоне, затем в Соединённых Штатах как частное лицо. Выразил протест руководителям демократических государств после оккупации чешских земель Германией в марте 1939 года.
После начала Второй мировой войны Бенеш вернулся к активной политической деятельности. Его целью стало аннулирование Мюнхенского соглашения, восстановление независимости Чехословакии и её «версальских» границ. 16 мая 1945 года Эдвард Бенеш вернулся в освобождённую Прагу, где был восторженно встречен населением.
В послевоенной Чехословакии Бенеш был самым популярным политиком. Во время политического кризиса в феврале 1948 года Бенеш уступил давлению коммунистов и принял отставку.
3 сентября 1948 года Эдвард Бенеш умер, похоронен в Сезимовом Усти.