Алишер Навои родился 9 февраля 1441 года в семье тимуридского чиновника Гиясаддина Кичкине, дом которого был центром общения людей искусства, в том числе поэтов. Уже к 15 годам Навои стал известен как поэт, слагающий стихи на двух языках (среднеазиатских тюрки и фарси). Учился в Герате, Мешхеде и Самарканде.
В 1469 году Алишер Навои стал хранителем печати при правителе Хорасана Султан-Хусейне Байкара, с которым вместе учился в медресе. В 1472 году был назначен визирем и получил титул эмира. Навои оказывал помощь учёным, художникам, музыкантам, поэтам, каллиграфам, руководил строительством медресе, больницы, мостов.
Убеждённый гуманист, борец против средневекового деспотизма и произвола, Навои выступал защитником народа перед султаном и решал дела в пользу несправедливо обиженных.
Прогрессивные позиции Навои вызвали недовольство при дворе. В 1487 году Навои был сослан в отдалённую провинцию Астрабад в качестве правителя. Крах надежд на возможность политического переустройства страны и установления мира в государстве, раздираемом усобицами Тимуридов, вынудили Навои оставить службу. Вернувшись в Герат в 1488 году, конец жизни Алишер Навои провёл в усиленной творческой работе.
Гуманистическая поэзия Навои многогранна, наследие его обширно. Он оказал влияние на развитие не только узбекской, но и других тюркоязычных литератур.
Яркая фигура Навои, художественная сила его поэзии вызвали большой интерес востоковедов. Возникла особая область научных изысканий – навоиведение. Поэмы Навои переведены на многие языки. Его рукописи хранятся в крупнейших библиотеках мира (в России, Англии, Турции, Иране и других странах).
Алишер Навои умер в Герате 3 января 1501 года.