Главное сочинение Коперника, плод более чем 40-летней его работы, — «Об обращении небесных сфер». Сочинение было издано в Нюрнберге в 1543 году. В нем он сформулировал основные принципы гелиоцентрической системы, в отличие от принятой тогда геоцентрической. Нюрнбергский теолог Озиандер, готовя книгу к печати, из осторожности снабдил её анонимным предисловием, в котором объявил новую модель условным математическим приёмом, придуманным для сокращения вычислений.
Модель мира Коперника была колоссальным шагом вперёд и сокрушительным ударом по архаичным авторитетам. Католическая церковь, занятая борьбой с Реформацией, первоначально снисходительно отнеслась к новой астрономии. Но уже тогда отдельные епископы выступили с яростной критикой гелиоцентризма как опасной богопротивной ереси.
19 февраля 1616 года экспертам инквизиции были представлены два положения, вобравшие в себя суть учения Коперника. Первое заключалось в том, что Солнце является центром мироздания и, следовательно, неподвижно. А второе, что Земля не есть центр мироздания, она не является неподвижной и движется как целостное тело и к тому же совершает суточное обращение.
По итогам заключения экспертов 5 марта 1616 года книга Коперника «Об обращении небесных сфер» была внесена в Индекс запрещенных книг, поскольку противоречила Священному Писанию. Самым известным следствием этого решения в 17 веке стал суд над Галилеем, нарушившим церковный запрет в своей книге «Диалоги о двух главнейших системах мира».
В дальнейшем систему астронома дозволялось использовать лишь как модель для расчета движения планет в качестве не имеющей отношения к природе математической абстракции. Ватикан снял свой запрет лишь через два века.