Франц Яковлевич Лефорт родился 2 января 1656 года в Женеве, в семье торговца. Учился в коллегиуме, а затем отправился в Марсель, чтобы обучиться торговле. Но торговля его не привлекала, и вопреки родительской воле Франц Лефорт уехал в Голландию, чтобы начать военную карьеру.
Вскоре, получив чин капитана, он отправился в Россию, которая фактически стала для него второй родиной. Он выучил русский язык, женился на русской девушке. Через некоторое время Лефорт получил звание майора, а затем – полковника.
С 1689 года Лефорт сблизился с молодым царем Петром Алексеевичем и стал одним из самых близких ему людей. Лефорт принимал разнообразные подарки и другие знаки внимания со стороны царя, участвовал во всех его делах.
Азовские походы 1695 и 1696 годов подготавливались и проводились при непосредственном участии Лефорта. После первого похода Лефорт получил звание адмирала, а после взятия Азова он удостоился титула новгородского наместника, золотой медали и собольей шубы.
Формально он возглавлял Великое посольство, направленное Петром I в Европу. Лефорт проводил разные закупки и нанимал иностранцев на русскую службу.
Вскоре после возвращения в Россию, в 1699 году, Франц Лефорт умер. Петр очень скорбел о потере своего верного друга и соратника.
Именем Лефорта назван район в Москве (Лефортово).