Несмотря на то, что в целом его творчество остается мало известным за пределами Германии, он сыграл значительную роль в сохранении наследия своего отца и традиций исполнения его произведений.

Зигфрид Вагнер родился 6 июня 1869 года в семье Рихарда Вагнера. Первоначально он тяготел к архитектуре, но потом решил пойти по стопам отца и обратился к музыке. К его учителям принадлежал Энгельберт Хампердинк.
Дирижерский дебют Зигфрида Вагнера состоялся в 1893 году. В 1906 году его мать Козима Вагнер передала сыну руководство Байройтским фестивалем (Рихард Вагнер, умерший в 1883 году, не оставил завещания, и дело продолжила его жена Козима). Он смог проявить себя как талантливый администратор, дирижер и режиссер. Но официально он занял руководящий пост лишь в 1908 году.
Вагнер был и талантливым новатором. Так, в 1911 году он широко применил возможности освещения в постановке «Парсифаля» и осуществил новую постановку «Нюрнбергских мейстерзингеров». В 1914 году Вагнер поставил «Летучего голландца», в 1927 году – «Тристана и Изольду», в 1930 году – «Тангейзера».
В 1923 году Зигфрид предпринял концертное турне по Америке с целью собрать средства для фестиваля 1924 года, первого после войны.
Зигфрид Вагнер был автором 17 опер на сказочные сюжеты, а также инструментальных сочинений.
Он скончался 4 августа 1930 года от инфаркта, случившегося во время репетиции.