Провозгласив свою независимость в 1991 году, Кыргызстан, как суверенное государство и полноправный член мирового сообщества, приступил к созданию национальной армии.

У молодого государства не было опыта создания военной организации. Отсутствовала необходимая оборонная инфраструктура. Скорейшему созданию Вооруженных сил препятствовали социально-экономические факторы, а также недостаток квалифицированных и подготовленных офицерских кадров.

Первым шагом на пути создания Вооруженных сил было издание Указа Президента Республики Кыргызстан от 13 января 1992 года о формировании Государственного комитета Республики Кыргызстан по делам обороны, который возглавил генерал-майор Уметалиев Джаныбек Асанбекович.

И уже 29 мая 1992 года Указом Президента Республики Кыргызстан «О взятии (принятии) под юрисдикцию воинских соединений, частей и учреждений бывшего Советского Союза, дислоцированных на территории Кыргызстана» было положено начало строительству Вооруженных сил, как фундаментальной основы национальной безопасности государства.

Принятие 5 мая 1993 года Конституции Кыргызской Республики определило основные принципы военной политики государства, построения и развития его Вооруженных сил. В Конституции закреплено, что Кыргызская Республика не имеет целей экспансии, агрессии и территориальных притязаний, решаемых военной силой, отвергает милитаризацию государственной жизни, подчинение государства, его деятельности задачам ведения войны.

Вооруженные силы строятся в соответствии с принципами: самообороны и оборонительной достаточности; безусловного соблюдения законодательства Кыргызской Республики, подконтрольности военных структур высшим органам государственной власти; соответствия организационной структуры, боевого и численного состава задачам обеспечения военной безопасности и экономическим возможностям государства; обеспечения национальной безопасности государства, способности к адекватному наращиванию боевой мощи при возрастании военной угрозы, поддержания боевой и мобилизационной готовности; соблюдения норм международного права и использования мирного опыта военного строительства.

Главной целью военного строительства в Кыргызской Республике является создание небольших, компактных и мобильных Вооруженных сил, оснащенных современным вооружением, военной техникой, обеспеченных материальными средствами для ведения военных действий в условиях высокогорья, способных в короткие сроки гарантированно обеспечить защиту территориальной целостности, конституционного строя, суверенитета государства и его граждан.

Главнокомандующим Вооруженными силами является Президент Кыргызской Республики. Он осуществляет руководство Вооруженными силами, назначает и сменяет высшее командование. Центральным органом государственного управления Вооруженными силами является Министерство обороны. Его Главный штаб — основной орган оперативного управления Вооруженными силами Кыргызской Республики.

Министерство обороны несет ответственность за состояние всех Вооруженных сил и их дельнейшее развитие, способность к противодействию в случае военной опасности для государства.

Вооруженные силы Кыргызской Республики в мирное и военное время состоят из органов политического и военного управлений, соединений, частей и учреждений Министерства обороны, Министерства чрезвычайных ситуаций, Внутренних войск МВД, Национальной гвардии, Государственного комитета безопасности, Пограничной службы, Службы государственной охраны и органов военной юстиции Кыргызской Республики.