9 сентября 1991 года Указом Президента Республики Молдова № 196 был упразднен Комитет государственной безопасности Республики Молдовы, и на его основе образовано Министерство национальной безопасности (МНБ). 16 сентября того же года Правительство утвердило основные функции и структуру МНБ, а 6 апреля 1992 года — Положение о Министерстве национальной безопасности.

9 сентября 1997 года по случаю 6-й годовщины образования Министерства национальной безопасности Указом Президента Республики был учрежден профессиональный праздник — День работников государственной безопасности Республики Молдова.

23 декабря 1999 года Парламент Республики Молдова принял Закон о Службе информации и безопасности Республики Молдовы. Таким образом, был завершен процесс реорганизации МНБ. При МНБ был создан и активно действует Учебный центр — система первоначальной оперативной подготовки офицеров, зачисляемых на оперативную работу.

Первоочередные усилия МНБ были направлены на предупреждение возможных межэтнических и социальных конфликтов и следующих за ними вооруженных столкновений, решение задач по оперативному и всестороннему информированию Президента Республики, Парламента и Правительства об обстановке в стране, возникновении опасных явлений и процессов, на их нейтрализацию.

По этим и многим другим вопросам регулярно направлялись высшему руководству республики информации и докладные записки в большей мере прогностического характера, позволившие предпринять срочные меры, не допустить возможные антигосударственные действия.

Были также предупреждены и локализованы некоторые действия, направленные на дестабилизацию социально-политической обстановки, компрометацию принимаемых руководством Республики мер по мирному разрешению военного конфликта, других проблем политического, межэтнического и территориального характера.