19 августа 1993 года было открыто уголовное дело об убийстве царской семьи 17 июля 1918 года. Дело вел старший прокурор-криминалист Генеральной прокуратуры РФ Владимир Соловьев.
23 октября 1993 года по распоряжению Правительства РФ была создана Комиссия по изучению вопросов, связанных с исследованием и перезахоронением останков российского императора Николая II и членов его семьи.
После проведения генетических экспертиз, 30 января 1998 года комиссия завершила работу и пришла к выводу, что останки, обнаруженные в Екатеринбурге, являются останками Николая II, членов его семьи и приближенных людей.
26 февраля 1998 года Священный Синод Русской Православной Церкви высказался в пользу безотлагательного погребения останков императора Николая II и членов его семьи в символической могиле-памятнике.
27 февраля 1998 года Правительство России приняло решение о захоронении останков Николая II и членов его семьи в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга 17 июля 1998 года – в день 80-летия расстрела царской семьи.
17 июля в 12 часов началась церемония погребения. Президент России Борис Ельцин выступил с речью. На церемонии присутствовали члены Правительства РФ, общественные деятели, деятели науки и культуры, более 60 членов Дома Романовых. В момент погребения прозвучал орудийный салют из 19 залпов. В тот же день во всех храмах были отслужены панихиды по безвинно убиенному Николаю II и его семье.