С 17 века Вильнюс был известным центром еврейской культуры и учености в Европе, он даже назывался северным Иерусалимом. Евреи играли большую роль в экономической и культурной жизни государства. До второй мировой войны евреи в Литве составляли значительную часть населения.
С началом войны, нацисты захватили регионы компактного проживания еврейского населения – Польшу, Прибалтику, Украину, Белоруссию, где создавали еврейские гетто. В годы немецкой оккупации на территории Литвы фашистами была истреблена практически вся еврейская община страны, уничтожены веками накопленные культурные и религиозные ценности.
Вильнюсское гетто было создано немцами в сентябре 1941 года. Около 40 тысяч евреев – жителей города – были согнаны в окруженное заборами из колючей проволоки гетто. За 2 года его существования периодически проводились «акции» по уничтожению евреев.
Быстрое продвижение советских войск на запад в 1943 году и изменение ситуации после Сталинградской битвы повлекли за собой ускорение темпов расправы нацистов над евреями – эсэсовцы лихорадочно ликвидировали последние гетто и рабочие лагеря и заметали следы совершённых в них преступлений.
После приказа рейхсфюрера СС Гиммлера от 21 июля 1943 года о ликвидации всех гетто на оккупированной территории СССР, 23 сентября 1943 года началась ликвидация еврейского гетто Вильнюса.
Узники были депортированы в концлагеря Эстонии и Латвии, расстреляны или направлены в лагеря смерти в Польше. Только нескольким сотням евреев удалось спастись, бежав в леса и присоединившись к советским партизанам или скрывшись у местных жителей. Вильнюс был освобождён советскими войсками 13 июля 1944 года.
В списке памятных дней, утвержденном сеймом Литвы, дата 23 сентября отмечается как День памяти жертв геноцида в Литве. В этот день в Вильнюсе, Каунасе и других литовских городах проходят памятные мероприятия, проводятся конференции по вопросам холокоста, выставки документальных фотографий.