14 декабря 1542 года Мария Стюарт, которой было всего шесть дней от роду, была объявлена королевой Шотландии. Официальная церемония коронации состоялась спустя несколько месяцев, 9 сентября 1543 года.
Регентом страны при малолетней королеве стал Джеймс Гамильтон, второй граф Арран, ближайший родственник Марии Стюарт и её наследник. В Шотландию вернулись дворяне-эмигранты — сторонники союза с Англией, изгнанные или бежавшие из страны при Якове V, который проводил профранцузскую политику. При их поддержке регент Арран в конце января 1543 года сформировал проанглийское правительство, прекратил преследования протестантов и начал переговоры о браке молодой королевы с наследником английского престола.
Эти переговоры завершились в июле 1543 года подписанием Гринвичского договора, в соответствии с которым Мария должна была выйти замуж за сына короля Англии Генриха VIII принца Эдуарда, что в дальнейшем должно было повлечь присоединение Шотландии к Англии.
Сложные дворцовые интриги и перипетии ее собственной жизни вынудили королеву отказаться от престола 24 июля 1567 года.
Восстание шотландской кальвинистской знати вынудило Марию отречься от престола в пользу своего годовалого сына, который пятью днями позднее был коронован в Стерлинге как Яков VI, и бежать в Англию. По приказу английской королевы Елизаветы I Тюдор она была заключена в тюрьму и позднее казнена.