В 1706 году в Лефортово царь Петр Первый издал указ «учредить в Москве за Яузою-рекой против Немецкой слободы лазарет для лечения раненых солдат русской армии».
Военный госпиталь открылся 4 декабря 1707 года и стал первым государственным медицинским учреждением России. В здании больницы была открыта также первая Медико-хирургическая школа во главе с лейб-медиком Николаем Бидлоо. В 1770-1771 годах госпиталь боролся с эпидемией чумы, в нем лечили раненых в Отечественную войну 1812 года и во время других войн – вплоть до наших дней. Здесь работали выдающиеся российские медики Щепин, Самойлович, Мухин, Склифосовский, Плетнев, Юдин, Бурденко, а также проводил первые показательные операции под наркозом Пирогов.
Основное здание госпиталя построил в 1798-1802 годах зодчий Иван Еготов. В 1907 году госпиталь получил имя «Московский генеральный императора Петра I военный госпиталь», а всему персоналу были пожалованы на погоны вензеля «PP» (Petrus Primus). Однако уже в декабре 1918 года, по решению исполкома Моссовета, он стал Первым Коммунистическим Красноармейским военным госпиталем, а в 1944 году – Главным военным госпиталем Красной Армии.
Сегодня Главный военный клинический госпиталь имени академика Николая Бурденко является мощным многопрофильным лечебным учреждением. В его состав входят 96 специализированных отделений и лабораторий, а также 9 лечебно-диагностических центров (радиологический, кардиологический, урологический, анестезиологии и реанимации, функционально-диагностических исследований, сердечно-сосудистой хирургии, травматологии и ортопедии, гематологический и рентгенологический).
За последние годы здесь были возвращены к полноценной жизни сотни раненых, доставленных в госпиталь из зон вооруженных конфликтов.