Генрих Вильгельм Трюбнер родился 3 февраля 1851 года в Гейдельберге. Его отец был ювелиром. Потому Вильгельм в юности решил продолжать дело отца. Он даже обучился ювелирному делу. Но судьба распорядилась иначе: в 1867 году Генрих познакомился с Ансельмом Фейербахом, который воодушевил его заняться живописью.
Сцена в мастерской художника В 1867 году Трюбнер поступает в Государственную академию художеств в Карлсруэ, год обучается живописи у Феодора Дица. Затем, в 1868 году он перевелся в художественную академию в Мюнхене и продолжил занятия у Александра Вагнера. Вскоре Трюбнер переехал в Штутгарт, чтобы продолжить обучение у Ганса Канона.
В этот период он знакомится с Альбертом Лангом и Карлом Шухом, вместе с которыми ездит писать пейзажи вокруг Штарнбергского озера. Несколько позже Трюбнер начинает работать в художественной мастерской с Лангом и Гансом Томой и находился в тесной связи с так называемым «кружком Лейбля».
Лодочный причал на острове Херренинзель в озере Кимзе После 1877 года Генрих в своем творчестве обращается к мифологическим и литературным сюжетам, работая в натуралистической манере. В 1889 году берлинская галерея «Гурлитт» организовала выставку работ Вильгельма Трюбнера. После выставки Трюбнер вновь обратился к пейзажной живописи.
В 1895 году он переезжает во Франкфурт и работает в Штеделевском художественном институте. Его работы по теории искусства были опубликованы в 1892 и 1898 годах. В 1903-1917 годах Трюбнер служил профессором в Государственной академии художеств в Карлсруэ, а в 1904-1910 годах занимал пост её директора.
В 1911 году местное объединение художников организовало крупную выставку работ Вильгельма Трюбнера, за которой последовала выставка в Берлинском сецессионе в 1913 году.
В 1917 году Вильгельма Трюбнера пригласили на работу в Берлинскую академию художеств, но он не смог принять это предложение по состоянию здоровья. Трюбнер умер в том же году в Карлсруэ.