20 сентября 1802 года в России на основании Манифеста Александра I «Об учреждении министерств» вместо существовавших ранее коллегий были образованы 8 министерств: военно-сухопутных сил, военно-морских сил, иностранных дел, юстиции, коммерции, народного просвещения, финансов и внутренних дел. Каждое министерство получило «Наказ», т.е. положение, которым определялись его задачи. Самым большим и многопрофильным стало Министерство внутренних дел.
Структурные подразделения в министерствах строились по функциональному принципу. Они назывались экспедициями, впоследствии – департаментами. Для объединения деятельности министерств, все министры собирались на общие совещания – составлять «Комитет министров», на заседаниях которого часто присутствовал и император Александр I.
В основание новой системы вместо прежнего коллегиального начала была положена единоличная власть и ответственность: министр один управлял своим ведомством при помощи канцелярии и подчиненных ему учреждений, он один и должен был отвечать за все упущения в министерстве.
Для обсуждения важнейших государственных дел и законов Александром был устроен «Совет непременный», состоявший из 12 членов, вместо случайных и временных совещаний при императрице Екатерине II и императоре Павле I.
В 1811 году внутренняя организация, порядок деятельности и права министерств были определены «Общим учреждением министерств». Министры имели одного или несколько товарищей (заместителей), являлись членами Комитета министров и Государственного совета, и должны были присутствовать в Сенате. Общее делопроизводство велось в канцеляриях министров, и порядок его сохранялся до 1917 года.
Наиболее значительные изменения в составе министерств, их названии и количестве происходили в 1905-1917 годах. После установления советской власти в 1917 году на базе министерств были созданы народные комиссариаты – наркоматы, которые в 1946 году вновь были названы министерствами. После ряда преобразований министерства и сегодня сохраняются в Российской Федерации.